Do zadań Pełnomocnika ds. Ochrony Informacji Niejawnych, w szczególności należy:

1) zapewnienie ochrony informacji niejawnych, w tym stosowanie środków bezpieczeństwa fizycznego;
2) zarządzanie ryzykiem bezpieczeństwa informacji niejawnych, w szczególności szacowanie ryzyka;
3) kontrola ochrony informacji niejawnych oraz przestrzeganie przepisów o ochronie tych informacji;
4) zapewnienie ochrony systemów teleinformatycznych, w których są przetwarzane informacje niejawne;
5) opracowywanie i aktualizowanie planu ochrony informacji niejawnej, tym w zakresie wprowadzenia stanu nadzwyczajnego i nadzorowanie jego realizacji;
6) prowadzenie szkoleń w zakresie ochrony informacji niejawnych;
7) prowadzenie zwykłych postępowań sprawdzających oraz kontrolnych postępowań sprawdzających;
8) prowadzenie aktualnego wykazu osób zatrudnionych, które posiadają uprawnienia do dostępu do informacji niejawnej oraz osób, którym odmówiono wydania poświadczenia bezpieczeństwa lub je cofnięto;
9) przekazywanie Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego, danych osób uprawionych do dostępu do informacji niejawnych o klauzuli „poufne” i wyższej, a także osób, którym odmówiono wydania poświadczenia bezpieczeństwa lub wobec których podjęto decyzję o cofnięciu poświadczenia bezpieczeństwa.